Põhja-Eesti rannikualad olid asustatud juba aastatuhandeid tagasi. Nii on ka Jõelähtme kihelkonna territooriumilt, kuhu Maardu alad ajalooliselt kuuluvad, teada sadu arheoloogialeide. Esimene kirjalik teade nüüdsest Maardust pärineb keskajast Taani vallutuste perioodist. 1241. aastal uue võimu poolt uue valduse  maksustamise esmärgil koostatud Liber Census Daniae märgib ära nii Maardu  kui ka Kallavere küla. Mõisana on Maardut esmamainitud 1397. aastal. Tõsi, ajalooline Maardu küla ja kaunis restaureeritud barokne Maardu mõisaansambel asuvad praeguse Jõelähtme valla territooriumil. Kuid just omaaegne Maardu mõis (Maarthe) andis nüüdsele linnale nime, sest Maardu mõisale kuulunud Kroodi ja Kallavere külad on tänapäeva Maardu linna põhiterritooriumi osa. 

 

Linnana on Maardu üsna noor ja tekkis tänu siinsele fosforiidimaardlale. Fosforiidimaaki võib õigusega pidada Eesti üheks tähtsamaks loodusvaks. 1920. aastal käivitati Maardu lähistel Ülgasel fosforiidi kaevandamine. Osaühing Eesti Vosvoriidi kaevanduskäigud, rajatud tollaselt kõrgelt astanguveerult, paeluvad huvilisi tänaseni. Fosforiidijahu rikastati siinsamas Ülgasel püstitatud vabrikus ja väärt väetist veeti välja Koljuotsa neemele rajutud sadama kaudu. Tollane tootmismaht küündis lausa 4000 tonnini aastas. Paraku põles Ülgase rikastusvabrik 1938. aasta lõpus maha, jättes endast järele vaid varemed. Uue kaevanduse ja rikastusvabriku rajamiseks loodi 1939. aastal riiklik aktsiaselts Eesti Fosforiit ning uue tööstuskompleksi ehitus võiski alata. Seekord valiti tõelise tööstushiiu asukohaks hoopis Kroodi küla maad, kuhu kerkis ka uus Maardu asula. Peale II maailmasõda jätkasid nõukogude võimud Maardu fosforiiditootmise arendamist - rajati väävelhappetsehh ja superfosfaaditsehh. Allmaakaevandamine asendus 1965. aastal lahtise karjäärikaevandusega. Maardu kaevandustest ja karjääridest toodeti miljoneid tonne fosforiiditooret.

 

Harjumaal kiiresti kasvav Maardu asula sai 1951. aastal alevi õigused. 1962. aastal allutati administratiivselt Maardu alev Tallinna linnale, tööstusalevi pealinn arvati tollase Mererajooni koosseisu. 17. juulil 1980. aastal sai Maardu alev linnastaatuse, ent alluvus Tallinna Mererajooni säilis. Alles 7. novembril 1991. aastal sai Maardu linnast täieõiguslik omavalitsus ning seda juba taasiseseisvunud Eestis. 

 

Tänaseks on Eesti Fosforiit oma tegevuse lõpetanud. Omaaegse fosforiidilinna suuremad tööandjad on tänapäeval kiirelt arenev Muuga sadam ja Iru Elektrijaam. Viimane on Eesti pealinna Tallinna üheks tähtsamaks soojavarustajaks, mille võimsusi saab vajaduse korral kasutada ka elektritootmiseks. Vana-Narva maantee äärde on tekkinud aga ladude piirkond. Maardus tegutsevad tänapäeval kümned transiitkaubanduse arendajad ja antud piirkonnal on potentsiaali kasvada ja areneda rahvusvaheliseks logistikakeskuseks.